Besondere tierschutzrechtliche Anforderungen gelten für den Transport von Tieren. Vor der Abfertigung ist entsprechend der Tierschutztransportverordnung die Eignung der Fahrzeuge, die Transportfähigkeit der Tiere und die Organisation des Transports zu überprüfen. Der vom Transporteur vorzulegende Transportplan mit Angaben über Details der Fahrtstrecke muss plausibel sein.
Bei grenzüberschreitenden Transporten ist eine behördliche Bescheinigung nach der Tierschutztransportverordnung auszustellen, aus der hervorgeht, dass die Tierschutzanforderungen erfüllt sind.

Gewerbliche Tierhaltungen, wie Tierzuchten, Tierhandel, Reitbetriebe, Zirkusbetriebe, der Tiergarten und das Tierheim bedürfen ausnahmslos einer Erlaubnis nach § 11 Tierschutzgesetz (TierSchG). Die Erlaubnis darf unter anderem nur erteilt werden, wenn

• die verantwortliche Person die für die Tätigkeit erforderlichen fachlichen Kenntnisse und Fähigkeiten hat,
• die verantwortliche Person die erforderliche Zuverlässigkeit hat,
• die der Tätigkeit dienenden Räume und Einrichtungen eine tiergerechte Ernährung, Pflege und Unterbringung der Tiere ermöglichen.

Im Bedarfsfall kann beim Veterinäramt eine entsprechende Sachkundeprüfung abgelegt werden. Um Fehler in der Tierhaltung zu vermeiden, müssen Baupläne für Tierstallungen oder Tierheime den Amtstierärzten zur Begutachtung hinsichtlich tierschutzkonformer Haltungsbedingungen vorgelegt werden.

Alle gewerblichen Tierhaltungen werden regelmäßig kontrolliert. Auch Tierbörsen und Tierausstellungen fallen unter die Erlaubnispflicht und unterliegen der amtstierärztlichen Überwachung.

Nicht gewerbliche Tierhaltungen (Tierheim, Vereine zur Vermittlung von Tieren) sind erlaubnispflichtig.

Private Tierhaltungen werden immer überprüft, wenn Hinweise auf Verstöße gegen das Tierschutzrecht eingehen. Werden Verstöße festgestellt, können notwendige und geeignete Maßnahmen sowie Bußgelder angeordnet werden, gegebenenfalls kann auch eine Strafanzeige erfolgen. Anzeigen von Tierschutzverstößen werden auch von jeder Polizeidienststelle aufgenommen und an das Veterinäramt weitergeleitet.
Auch private Tierhaltungen müssen den oben genannten Grundsätzen entsprechen, bedürfen aber keiner Erlaubnis (ausgenommen gefährliche und artengeschützte Tiere).

Wer Tiere betreut, ruhigstellt, betäubt, schlachtet oder tötet, muss über die hierfür notwendigen Kenntnisse und Fähigkeiten (Sachkunde) verfügen (§ 4 Abs. 1 TierSchlV).

Der Sachkundenachweis nach Art. 21 Abs. 1 Buchst. b der Verordnung (EG) 1099/2009 wird auf Antrag erteilt, wenn die Sachkunde im Rahmen einer erfolgreichen Prüfung nachgewiesen worden ist oder eine als gleichwertig anerkannte Qualifikation nachgewiesen wird (§ 4 Abs. 2 TierSchlV).